65. Hükümette ne önemli değişiklik Yalçın Akdağ'ın kabine dışı kalışı oldu. Yalçın Akdoğan'ın yeni kabinede yer almamasının en büyük sebebi olarak Dolmabahçe Mutabakatı gösterildi. Yine Dolmabahçe Mulakatında olan Mahir Ünal, Davutoğlu kabinesinde Kültür ve Turizm Bakanı olmuştu. Ancak Ünal, Binali Yıldırım kabinesinde hükümet dışı kaldı. İçişleri Bakanı Efkan Ala ise yerini korudu.
Ahmet Davutoğlu'un en yakınındaki isimlerden birisi olan Mehmet Şimşek ise herkesi şaşırtarak 65. Hükümette Başbakan yardımcısı olarak yer aldı.
Karaman'daki 45 erkek çocuğuna taciz olayından sonra yaptığı "Bir kereden bir şey olmaz" diyerek kamuoyunun büyük tepkisini çelen Aile ve Sosyal Politikalar Bakanı Sema Ramazanoğlu kabine dışında kaldı. Ramazanoğlu yerine yine bir kadın bakan Fatma Betül Sayan Kaya geldi.
Cumhurbaşkanı Erdoğan'ın damadı olan Berat Albayrak isebaşbakan yardımcılığı iddialarının aksine yerini korudu ve 65. hükümette yine Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanı oldu.
Kabinenin en önemli değişikliklerinden biri de Milli Savunma Bakanı İsmet Yılmaz'ın Milli Eğitim Bakanı olması oldu.
2002 yılındaki ilk AKP hükümetinde Sağlık Bakanlığı görevine getirilen Erzurum milletvekili Recep Akdağ 2013 yılına kadar bu görevi sürdürmüştü. Akdağ 3 yıllık bir aranın ardından Sağlık Bakanlığı koltuğuna yeniden kavuştu.
Önceki hükümette Çevre ve Şehircilik Bakanlığı görevini Fatma Güldemet Sarı yürütüyordu. Onun yerine de Mehmet Özhaseki’nin getirilmesiyle kabinedeki kadın bakan sayısı bire indi.
