Koşaner, 2013 yılına kadar görev süresi olmasına rağmen 2011 Yüksek Askeri Şûra öncesinde Balyoz Davası’na tepki olarak emekliliğini istemişti. Koşaner’le birlikte Kara Kuvvetleri Komutanı Erdal Ceylanoğlu, Deniz Kuvvetleri Komutanı Eşref Uğur Yiğit ve Hava Kuvvetleri Komutanı Hasan Aksay da emekliliklerini istemişlerdi. Koşaner, TSK’nın kamuoyunda suç teşkilatı olduğu izleniminin yaratılmaya çalışıldığını söylemişti.
