Mimar Sinan'ın talebesi Mimar Hayrettin tarafından 1566'da inşa edilen ve Bosna Hersek'teki savaş sırasında 1993'te Hırvat birliklerince yıkılan köprünün restorasyon çalışmalarının tamamlanmasının ardından 19 yıl önce düzenlenen törenle yeniden hizmete açıldı.
Mostar Köprüsü'nün yeniden inşasına, Türk İşbirliği ve Koordinasyon Ajansı, Birleşmiş Milletler Eğitim, Bilim ve Kültür Örgütü (UNESCO), İslam Tarih, Sanat ve Kültür Araştırma Merkezi ve Dünya Bankasının desteğiyle 1997'de başlandı.
Macar ordusu dalgıçlarınca orijinal taşları nehir yatağından bulunup vinçlerle çıkartılan köprü, inşaatının tamamlanmasının ardından çok sayıda ülkenin üst düzey temsilcisinin de hazır bulunduğu törenle İngiltere Kralı Charles tarafından 23 Temmuz 2004'te yeniden açıldı.
Zümrüt yeşili rengiyle bilinen Neretva Nehri üzerine inşa edilen köprünün yapımında 456 kalıp taş kullanıldı. 24 metre yüksekliğinde, 30 metre uzunluğunda, 4 metre genişliğindeki köprü, Mostar şehrine de adını verdi.
Asırlar boyunca Bosna Hersek'te hoşgörü ve kültürel çeşitliliğin sembolü olan tarihi köprü, sporcular tarafından yıllarca "atlama platformu" olarak da kullanıldı. Geleneğe göre, şehrin erkekleri, nişanlılarına cesaretlerini ispatlamak için düğün öncesinde köprüden atlıyor.
Tarihi köprü, Bosna Hersek'teki savaş sırasında Hırvat tank birliklerinin köprüye saldırmasıyla 9 Kasım 1993'te nehrin sularına gömüldü.
Köprü, 2005'te UNESCO tarafından Dünya Miras Listesi'ne alındı.
