Monaco'daki Grimaldi Forum'da gerçekleştirilen kura çekimine 48 takım katılıyor. Kura sonucunda 48 ekip, 4'erli 12 gruba ayrılacak.
Gruplarda her takım birbiriyle iç ve dış saha olmak üzere iki kez karşılaşacak. Grup lideri ve ikincisi, UEFA Şampiyonlar Ligi'nden gelecek 8 grup üçüncüsüyle birlikte son 32 takım arasına kalacak. Gruplarda maçlar 15 Eylül, 29 Eylül, 20 Ekim, 3 Kasım, 24 Kasım ve 8 Aralık'ta oynanacak.
UEFA Avrupa Ligi'nde bu sezon final İsveç'in Solna kentindeki Friends Arena'da 24 Mayıs 2017'de oynanacak. Kazanan takım UEFA Şampiyonlar Ligi'ne doğrudan katılma hakkı kazanacak.
A Grubu
Manchester United
FENERBAHÇE
Feyenoord
Zorya Luhansk
B Grubu
Olympiakos
APOEL
Young Boys
C Grubu
Anderlecht
Standard Liege
Mainz
Qabala
D Grubu
Zenit
AZ Alkmaar
Maccabi Tel Aviv
E Grubu
Viktoria Plzen
Roma
Austria Wien
F Grubu
Altetic Bilbao
Gent
Rapid Wien
G Grubu
Ajax
Standard Liege
Celta Vigo
Panathinaikos
H Grubu
Shakhtar Donetsk
Braga
Gent
I Grubu
Schalke 04
Apoel
Krasnodar
J Grubu
Fiorentina
PAOK
Slovan Liberec
K Grubu
Inter Milan
Sparta Prag
Southampton
L Grubu
Villarreal
Steaua Bükreş
Zürih
