Fenerbahçe Kulübü'nün YÖK'e sunduğu akademik planlamaya göre, ilk 3 yıl içinde Fen-Edebiyat Fakültesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, İletişim Fakültesi ve kulübün ihtisas alanı olan Spor Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi ile spor sağlığı açısından son derece önemli olan Sağlık Bilimleri Yüksekokulu açılacaktır. Ayrıca ilk 5 yıl içinde de Hukuk Fakültesi ve Denizcilik Fakültesi'nin açılması öngörülmektedir.
Fenerbahçe Üniversitesi'nin kurulmasının ardından 5 yıllık süre içerisinde; ilk yıl 1000 öğrenci ile eğitim ve öğretime başlaması planlanmakta ve 5 yıl içerisinde 6000 öğrenciye eğitim ve öğretim vermek hedeflenmektedir. Ayrıca, üniversite dahilindeki toplam öğrenci sayısının %20'sine tam burs verilmesi planlanıyor.
Küreselleşen yüksek öğretimde bir Dünya Üniversitesi vizyonuyla hazırlanan akademik programların eğitim dili İngilizce olacaktır. Bu bağlamda hali hazırda dünyanın önde gelen marka üniversiteleriyle istişareler ve program ortaklıkları ile görüşmelere devam ediliyor.
